כתוב בהקדמת הרמב"ם לפירוש המשניות:
והתבודד רב אשי לחבר התלמוד. וראה בעצתו לעשות בדברי כל הבאים אחרי רבינו הקדוש, כמו שעשה רבינו הקדוש בדברי כל הבאים אחרי משה. וכלל כל דברי המדברים, ושכל המתבוננים, ופירוש המפרשים, ודקדוק ההלכות, וקבצם וכבש הכל בחכמתו, ובמה שנתן לו הקב"ה מנפש פשוטה וכבוד החכמה, וחיבר התלמוד.
והיתה כוונתו בו ארבעה דברים:
האחד, פירוש המשנה, וכל מה שנפל בה מדברים המכילים ענינים רבים, ממחלוקת הפירושים, וטענות כל מפרש על חבירו, וגלוי טענת האמת, וזה ראשית הכוונות שנתכוון.
והשני, פסק הדין על דעת האחד משני החולקים, שנחלקו בדברי המשנה, או בפירושה, או בחידושים שנתחדשו בה, ושחברו עליה.
והשלישי, בחידושי הענינים שהוציאו חכמי כל דור מן המשנה, וגלוי העיקר והראיות שהורו בהן וסמכו עליהן התנאים המדברים על דברי המשנה, עד שנסדר מדבריהם מה שנסדר, והגזירות והתקנות העשויות מאחרי רבינו הקדוש עד המחבר הזה.
והרביעי, דרשות שהם ראויות לפי ענין כל פרק שנזדמן להיות בו דרש:
מבואר שהיו ארבע כוונות לרב אשי בחיבור הגמרא, והראשון הוא "פירוש המשנה", וכתב על זה הרמב"ם "וזה ראשית הכוונות שנתכוון".
אמנם כאשר נעיין בגמרא כפי שהיא היום לנגד עינינו, אין היא מסודרת מבחינת עימוד כמו "פירוש למשנה", אלא כגון זה בריש ברכות:
בכתבי היד באתר הנפלא "הכי גרסינן", נוסף תיבות "פיסקא" של המשנה, גם בתחילות הפרקים, כגון באופן זה:
כך זה בדרך כלל בפרקי הש"ס השונים, וכן בכל מקום שיש "מתני'" אצלינו בדפוס חסירה הפיסקא מן המשנה, ואילו בכת"י בדרך כלל מופיע תיבות ה"פיסקא". מה פשר הדבר?
אם נאסוף את כל הפיסקאות הללו בכל המקומות שאצלינו זה חסר, אולי זה פותח את הדלת לעשות צורת עימוד חדשה לגמרא, שהמשנה באמצע, ומסביב לה הגמרא שפותחת ב"דיבור המתחיל" (כלומר הפיסקאות הן "דיבור המתחיל") - ועל דרך שכתב הרמב"ם בהקדמת פיהמ"ש שהגמרא היא פירוש למשנה. (ואולי יוכל להיות ברעיון זה תועלת ללומד גמ', ואולי כבר הציעו/ניסו זאת ולא ידוע לי?).
חדש אסור מן התורה. על כן דבר ראשון שיש לעשות, זה להכין מודעות ופשקוילים עסיסיים נגד המחשבה הפסולה הזאת... וילנא קודש קודשים לכולם.
אך בלי שהיינו רואים זאת בכתבי היד הקדמונים, לא היה שייך לחשוב על זה.
יש אצלינו פרקים שזה נשאר כמו באופן בכתבי היד, כגון פרק תשיעי של מסכת ברכות "הרואה" מופיע כמו שזה בכתבי היד בכל מקום, רצף משנה ואח"כ רצף גמרא.
אלו הן תופעות והבדלים שכבר כתבו על זה המפרשים והחוקרים, אלא שלענ"ד לא קיבל ביאור מספיק.