מצאתי תשובה מענינת מאוד בשו"ת יד חנוך סי' ח, {מאת הג"ר חנוך העניך ב"ר יוסף דוד טייטלבוים זצ"ל מסאסוב, נלב"ע בשנת תש"ג} להלן העתקה הנוגע לעניננו.
לרעי ועמיתי הגאון רבי מרדכי אריה נ"י בק"ק פידקאמין.
הגיעני מכתבו, ואשר כותב שהוגד לו בשמי שאמרתי ליתן אתרוג בחרוסת, ותמה עלי שמעולם לא שמע כזאת, ומנהג ישראל ליקח עפי"ל ונו"ס ושאר פירות שסימנם חרוסת ע"ץ חרוסת אב"ן, ושואל טעמא דידי, הנני לבאר לו הענין:
א) הנה באו"ח סימן תע"ג (סעיף ה') כתב הרמ"א ז"ל ועושין החרוסת מפירות שנמשלו בהם ישראל כגון תפוחים וכו', עכ"ל. הרי שהחרוסת הן נעשין מתפוחים מפני שנמשלו בהם ישראל. והנה דבר זה נובע מש"ס פרק רבי עקיבא (שבת דף פ"ח ע"א) דאמרינן כתפוח בעצי היער (שה"ש ב' ג'), למה נמשלו ישראל לתפוחים, מה תפוח זה פריו קודם לעליו אף ישראל כן, עיין שם. וכתבו התוס' (ד"ה פריו קודם), וזה לשונם, הקשה רבינו תם שהרי אנו רואים שאין התפוח פריו קודם לעליו אלא גדל כשאר אילנות, ומפרש ר"ת דתפוח שנמשלו בו ישראל היינו אתרוג, ואתרוג פריו קודם לעליו מפני שגדל שלש שנים וכו', עיין שם. הנה מבואר דלפי מסקנת דברי התוספות הך תפוח שנמשלו בו ישראל היינו אתרוג, וא"כ ממילא נוכל ליקח אתרוג לחרוסת.
ב) אך כדי לקיים מנהג ישראל, אומר דהנה באמת כבר כתב הרב איש אלקים המגיד מקאזיניץ ז"ל בחידושי הש"ס שלו, לתרץ קושיית רבינו תם, כי עיקר הגירסא הוא כדאיתא במדרש רבה שיר השירים (ב' ג') הנקרא מדרש חזית, מ"ה תפו"ח ז"ה נצ"ו קוד"ם לעלי"ו, ולא כמו שהוא לפנינו בגמרא מה תפוח זה פריו קודם לעליו, וכיון דאזדא לה קושיית רבינו תם, שוב אין אנו צריכין לפרש דתפוח שנמשלו בו ישראל היינו אתרוג. ומה שהקשו עוד התוספות איך אמר שנמשלו ישראל לתפוח מקרא דכתפוח בעצי היער, הלא מקרא זה מוסב על הקדוש ברוך הוא ולא על ישראל, כבר תירץ הגאון רבי משה סופר מפרעשבורג ז"ל (בחידושי חת"ס שבת דף פ"ח ע"א בד"ה למה נמשלו), שמפני שהמשיל אותו יתברך לאילן תפוח א"כ ישראל שהמה בניו ופריו נמשלים לתפוח, ונכון:
ג) אכן אף אם נסיר קושיית רבינו תם ולא נהיה מוכרחין לקבל תירוצו מפני דנימא דעיקר הגירסא הוא מה תפוח זה ניצו קודם לעליו, וכמ"ש המגיד מקאזיניץ זצוק"ל, אבל עכ"פ הרי מפורש בגמרא דהך מילתא דישראל נמשלו לתפוח ילפינן לה מקרא דכתפוח בעצי היער, והרי תרגומו דהך קרא הוא כאתרוג"א, א"כ ממילא מתבאר דתפוח שנמשלו בו ישראל היינו אתרוג:
ודע שבתוספות שם שכתבו דתפוח שנמשלו בו ישראל היינו אתרוג, דתרגום וריח אפך כתפוחים (שה"ש ז' ט') כאתרוגים, עכ"ל, נלפע"ד שהוא טעות סופר, וצ"ל כתפוח בעצי היער מתרגמינן כאתרוגא:
ד) ונלפע"ד שזהו טעמו של הרמב"ם ז"ל שכתב בפרק א' מהלכות כלאים (הלכה ה'), וזה לשונו, כלאי האילנות הרי הן בכלל שדך לא תזרע כלאים, כיצד המרכיב אילן באילן של תפוח באתרוג או אתרוג בתפוח הרי זה לוקה, עכ"ל. ותמהו עליו רבים מדוע נקט אתרוג ותפוח שאינם דומין זה לזה בתוכנם ומהותם, והו"ל למינקט רבותא יותר טפי. אבל לדעתי כוונת הרמב"ם ז"ל להורות לנו דלא נטעה ולא נימא כיון שתרגום כתפו"ח בעצי היער כאתרוג"א, א"כ הוי אמינא כיון דמין אחד בשמא נינהו אין בהם משום כלאים, קמ"ל דלענין כלאים אסורין זה בזה מדאורייתא ולוקין עליהם:
ה) והנה בענין החרוסת נראה לי עוד מקור לקחת אתרוג, ע"פ מה שכתב הרמ"א ז"ל שעושין החרוסת מפירות שנמשלו בהן ישראל, דהרי איתא במדרש רבה (פרשת אמור פ"ל ד"ה ד"א) פרי עץ הדר - אלו ישראל, א"כ נמשלו ישראל לאתרוג, והרי הוא בכלל שאר פירות שנמשלו בהן ישראל. (ואולי הוא נרמז ג"כ בסימן חרוסת אב"ן, שהאל"ף היינו אתרוג). ואם יוכל לקחת מאתרוג של מצוה שנשמר לשם חג הפסח, הרי כבר העידו על מהרי"ל ז"ל שהיה נוהג לשרוף החמץ בקני עצי הושענא, מטעם דהואיל דאיתעבד ביה מצוה חדא ליתעבד בה מצוה אחריתא, כדאיתא בש"ס פרק כל כתבי (שבת דף קי"ז ע"ב):
ואו) ואשר נראה לי ליישב מנהג העולם שנוהגים ליקח לחרוסת פרי עץ הנקרא עפפי"ל, אינו משום שנמשלו בו ישראל, אלא טעמא אחרינא איכא, כמו שכתבו הקדמונים ז"ל (טור או"ח סי' תע"ג), ומקורו מש"ס פרק ערבי פסחים (דף קט"ז ע"א) זכר למה שהיו יולדות בניהן במצרים תחת התפוח שלא יכירו בהן מצרים, שנאמר (שה"ש ח' ה') תחת התפוח עוררתיך. (ובחידושי רבינו המאירי (שם) כתב, וזה לשונו, זכר לתפוח שמשימים אותו בחרוסת על שם שהיו יושבות תחת התפוח, עכ"ל. והוא ט"ס וצ"ל שהיו יולדות תחת התפוח).
והנה בזה גם רבינו תם יודה שאין הכוונה על עץ אתרוג, אלא היינו עץ שקורין עפפי"ל בוי"ם שטוב לישכב תחתיו בימות השרב ולהתגונן בצלו כי ענפיו מסתעפים לכל צד, ויש מקום להסתתר תחתיו, שאין נמצא זה בעץ האתרוג, וא"כ קרא דתחת התפוח בהכרח מוסב על אילן עפפי"ל, וזה ברור.
ז) והנה באמת משמע במדרש רבה בשיר השירים (פ"ב ד"ה כתפוח), שמפרש קרא דכתפוח בעצי היער שהיינו אתרוג, ולא מה שקורין עפפי"ל בוי"ם, דאיתא התם, וזה לשונו, כתפוח בעצי היער, מה תפוח זה הכל בורחין ממנו בשעת השרב מפני שאין לו צל לישב בצלו, כך ברחו האומות בשעת מתן תורה, עכ"ל. והרי כבר ידוע שעץ עפפי"ל בוי"ם יש לו צל ויפה לישב תחתיו להסתתר מפני חום השמש, וא"כ בהכרח שהמדרש מפרש כתפוח היינו אתרוג.
ולפיכך נראה לי שט"ס נפל בלשון התוספות (ד"ה צריך) פרק ערבי פסחים (דף קט"ז ע"א) אשר מהם נובעים דברי הרמ"א שזכרנו לעיל. וזה לשון התוס', ועושין החרוסת מפירות שנמשלו בהן ישראל [תפוח ע"ש] תחת התפוח עוררתיך, עכ"ל. והנה לא מצינו בשום דוכתא דיליף שישראל נמשלו לתפוח מקרא דתחת התפוח עוררתיך, אלא צריך להגיה בתוספות מפירות שנמשלו בהן ישראל תפוח דכתיב כתפוח בעצי היער.
אך יותר נראה להגיה כמו שאיתא בתוספות על פרשיות התורה, דאיתא התם, עושין החרוסת מתפוח מפני שהיו יולדות תחת התפוח שנאמר (שיר השירים ח' ה') תחת התפוח עוררתיך. ולפ"ז אין כוונתם לגמרא דשבת הנ"ל, אלא לגמרא דפרק ערבי פסחים, ודו"ק.
ח) והנה בפרק שלשה פרקים (תענית דף כ"ט ע"ב) אמרינן מאי דכתיב (בראשית כ"ז כ"ז) ויאמר ראה ריח בני כריח השדה אשר ברכו ה', אמר רב כריח שדה של תפוחים. וכתבו התוספות שם (ד"ה של תפוחים) דשדה תפוחים היינו שדה של אתרוגים. ויתכן שהיה לפניהם הגירסא בתרגום וריח אפך כתפוחים כאתרוגין, וכמו שהובא בתוספות דשבת (דף פ"ח ע"א) פרק רבי עקיבא (ד"ה פריו).
ט) ומה שהשיב ח"א דחרוסת צריך להיות מתוק להמתיק ארס המרור, ואתרוג שלנו אינו מתוק אלא בוסר וטעמו חמוץ, - כדאי' בסוף מסכתא עכו"ם (דף ע"ו ע"ב) - הנה מדברי רש"י ז"ל (פסחים דף מ' ע"ב ד"ה חרוסת), מבואר דעיקר שם חרוסת הונח על דבר שטעמו חמוץ שקורין זויע"ר בלע"ז, ולא מה שהוא מתוק. וכן אמרו בש"ס (פסחים ל' ע"ב) בית שאור וחרוסת שחימוצו קשה. וכן כתב הרמ"א ז"ל בסימן תע"ג (סעיף ה') שנותנין חומץ בתוך החרוסת, והיינו מטעם הנ"ל. (ואדרבה יעיין ביוסף אומץ לרבי יוסף יוזפא האן ז"ל שנדפס בפפ"ד שנת תפ"ג, כתב בסימן תשמ"ו, וזה לשונו, התפוחים שבחרוסת יהיו חמוצים, עכ"ל. הרי שהקפיד שלא יהיו מתוקים אלא חמוצים, והוא מטעם שכתבנו), והדברים פשוטים.
יוד) ובעיקר הדבר מה שאין העולם נוהגין ליקח אתרוג לחרוסת, היינו משום דאתרוג של מצוה שעושין ממנו מרקחת בציקע"ר, על פי רוב אינם זהירים שיהא הציקע"ר משומר מחשש חמץ, על כן נוהגין ליקח עפפי"ל שאין בו חששא ושימצא דחימצא.