והנה בהגדת ר' ראובן מרגליות מצא מקור קדום למנהג זה בדברי רשב"ם בפרק ערבי פסחים (קטו,ב ד"ה ואין עוקר), וז"ל:
ויש שנוהגין להגביה את הקערה על הכף ומוציאין הבשר מן הקערה, ולאו מלתא היא דהא דאמר לקמן בשר אין צריך להגביה ה"מ בשעה שאומר הגדה פסח שהיו אבותינו כו' וכיון דלא מצי למימר פסח זה אם היה מגביהו לתבשיל שהיה בידו נראה כמקדיש בהמתו מחיים אבל כשמגביה הקערה כדי שיכיר תינוק וישאל היאך נראה כמקדיש קדשים לפיכך אין צריך להוציא ממנה התבשיל וגם הגבהתה חנם ואין כאן היכר לתינוק וכו'.
ולכאורה צ"ב כף זו שעליה מגביהין את הקערה מה טיבה. אלא יותר נראה דט"ס היא, וצ"ל כתף, והרי זה המנהג הנזכר להגביה את הקערה על הכתף, עכ"ד.
ולפי"ז מבואר היטב מנהג זה, שמה שהגביהו את הקערה אינו להיכרא לתינוק, ומה שמוציאין הבשר אינו משום חשש שנראה כאילו מקדישו מחיים, אלא שכיון שהמנהג הוא לעשות זכר ליצי"מ, וביצי"מ לא היה הבשר על הכתף, לכן הוציאו את הבשר מן הקערה, ומיושבים תמיהות הרשב"ם.
ומצאתי שכן מפורש בספר המכתם שם על אתר, וז"ל:
ואנו שדרך כולנו להסב על שולחן אחד, ויהיה טורח לעקור את השולחן, נהגנו לעקור את הסל שבו המצות והחזרת ושני תבשילין, ונהגו להגביהו על הכתף, זכר לעל שכמם.
אלא שכאן מבואר שהמנהג הוא להגביה את כל הקערה, ולא רק את מצת האפיקומן, וצ"ע.