אמנם לכאורה נראה ליישב קושיית הט"ז, דהנה איתא בשולחן ערוך (סימן קט סעיף ג),
יחיד העומד בתפלה וכשיגיע למקום קדושה היו הציבור אומרים קדושה דסידרא, אינו אומר קדוש עמהם, שאין הקדושות שוות; ונראה דה"ה אם היו הצבור אומרים כתר, שאינו אומר עמהם קדושה, אלא ישתוק ויכוין למה שאומרים, דשומע כעונה. הגה: וי"א דקדושת כתר דהיינו קדושת מוסף, והיחיד מתפלל שחרית, יוכל לומר עמהם, דשניהם קדושת י"ח וקדושתן שוה, וכן נ"ל עיקר (ולא פליג רשב"א אהגאונים שהביא ב"י).
הרי לנו מחלוקת מפורשת בין המחבר לרמ"א אם קדושת מוסף שהיא קדושת כתר חלוקה במהותה מקדושת שחרית או לאו, דבדברי הרמ"א נראה שאינה חלוקה ואילו בדברי המחבר מבואר 'שאין הקדושות שוות'.
ובמשנ"ב שם (ס"ק טז) ביאר צדדי הפלוגתא, וז"ל,
וטעם המחבר הוא משום דאינו עומד עמהם בענין אחד שהם עומדים במוסף והוא עומד בשחרית לא עדיף ד"ז מאם הם היו עומדים אז בקדושה דסידרא, ואף על גב דהגאונים כתבו בהדיא דמצטרף עמהם ס"ל להמחבר דהרשב"א דכתב יחיד העומד בתפילה וכו' פליג עליהם. אבל הרמ"א בהג"ה ס"ל דהרשב"א לא אמר אלא בקדושה דסידרא שהוא רק סיפור איך מלאכים מקדישין, אבל בשתי קדושות מענין אחד כגון של שחרית ושל מוסף אפשר דמודה לדברי הגאונים לכך אין לדחות דבריהם וכן פסק הפמ"ג שאין לזוז מזה.
אכן המעיין היטב בלשון השו"ע והרמ"א יבחין שהמחבר נקט טעמא משום שאין קדושתן שווה, ואילו הרמ"א נקיט הלשון דשניהן קדושת י"ח וקדושתן שווה, ומזה נראה שאין החילוק באם יש חיסרון באם אין קדושתן שווה או שאין חיסרון בזה, אלא שנחלקו בענין זה גופא אם יש לדון קדושה של שחרית וקדושה של מוסף כ'אין הקדושות שוות', או דסו"ס שניהן קדושת י"ח ולכך נחשב קדושתן שווה.
ומצאתי בספר מקור חיים לבעל החוות יאיר כאן (ס"ק ג) שכתב שלמעשה ליכא פלוגתא בין המחבר לרמ"א אלא הדבר תלוי בנוסחאות התפילה, שלפי נוסח ספרד שאומרים במוסף 'כתר' וכו', אין ליחיד המתפלל שחרית לומר הקדושה יחד עם הציבור המתפללים שחרית, ואף שקדוש וברוך שוה, מ"מ כיון שתחילת נוסח הקדושה שונה הו"ל בגדר אין הקדושות שוות, משא"כ לרמ"א עפ"י נוסח אשכנז שאין אומרים כתר, שפיר דמי לומר עם הציבור, וכל דברי המחבר הינם לפי מנהגו שאומרים כתר יתנו לך, ולכן חשיב אין קדושתן שווה, והרמ"א לפי מנהגו אזיל שאין אומרים כתר אלא נעריצך, ולכן חשיב קדושתן שווה. (וע"ע בעולת תמיד סוס"י זה, ובתורת חיים סופר סק"ו).
הרי לנו בדברי המקו"ח ודעימיה שהבין בפשיטות כמו שנראה בדברי הט"ז הנ"ל דהענין המיוחד של קדושת כתר נעוץ בנוסח השונה, ובמילים כתר יתנו לך.