שני ספרים החזיק מרן הגר"ע יוסף בספריה העצומה בביתו, ולא נתן לבניו לעיין בהם: ספר "שושנת יעקב" על חכמת הפרצוף וקריאה בכף היד (עליו התבטא מרן זצוק"ל: "כי היכי דלא נגררו אבתרייהו"), וכן את ספר "מלחמות ה'" למארי יחיא קאפח שטען שספר הזוהר דינו כעבודה זרה (שבנו הגר"י יוסף הסביר ונימק שאביו עיין בספר כדי לראות את הטענות שלו, כדי שידע מה להשיב להם).
בביתו של מרן הגר"ע יוסף היתה ספריה עצומה של ספרי קודש, שע"פ עדות בנו הראשון לציון הגר"י יוסף היו בה מעל עשרים אלף ספרי קודש, ללא ספרים חיצונים כשל ביאליק וכצנלסון.
הגר"י יוסף סבור שלאביו הגר"ע היו ספרים רבים ומקורות שלא היו לכל הרבנים, ומשכך לפסיקותיו יש משקל רב ועדיפות על פניהם.
כך למשל בעלון 'השיעור השבועי' הובאה באריכות המחלוקת בין הגר"ע יוסף לחזון איש בעניין ברכה לבטלה בדעת הרמב"ם. החזון איש נקט שברכה לבטלה היא לא דאורייתא, לעומת הגר"ע יוסף שנקט שברכה לבטלה היא מדאורייתא ונסמך על תשובת הרמב"ם בעניין.
בעלון השיעור השבועי נכתב בשמו של הגר"י יוסף בין היתר:
"אינני יודע אם היה להחזון איש תשובות הרמב"ם, כי לא הייתה לו ספריה גדולה כמו שהייתה למרן זצ"ל של למעלה מעשרים אלף ספרים, ומרן למד בכל הספרים, וידע היכן נמצא כל ספר... אבל החזון איש לא היתה לו ספריה גדולה, מרן בצעירותו היה בבית החזון איש וראה שיש ספריה של כמה טורים בלבד, ולכן יש להניח שהחזון איש לא ראה את תשובת הרמב"ם, ואילו היה רואה היה מסכים שדעת הרמב"ם שאיסור ברכה לבטלה הוא מדאורייתא, שהרי כתב כן מפורש".\
לרגל יום פטירתו ה-51 של חכם עזרא עטיה זצוק"ל ראש ישיבת פורת יוסף הובאו הדברים הבאים בשמו הגר"י יוסף:
"החזון איש לא הכיר רבנים ספרדים, וכי איפה יראה מרוקאים ופרסים, בליטא?! ... הוא גר בבני ברק, ובמשך שנים לא הגיע לירושלים לבקר בכותל וכדומה, כי הרב קוק – הרב הראשי האשכנזי הראשון – היה חי, ואמר החזון איש, אם אבוא לירושלים אצטרך לבקר את הרב קוק, ואז יחשבו שאני מסכים עם שיטתו בהשקפה, ואם לא אבקר אצלו, זה חילול ה'.
עוד הובא שם בשמו של הגר"י יוסף:
"(החזון איש) לא הכיר את חכמי הספרדים, ספק אם הכיר את החקרי לב , פתח הדביר, בית דוד, מאמר מרדכי, יד אהרן, יפה ללב, רבי חיים פלאג'י, רבי יעקב פראג'י, מהר"י מולכו".
עוד הובא שם בשמו של הגר"י יוסף:
"פעם אמרו לו (לחזון איש) על איזו הלכה שכך כתב בספר 'שדה הארץ', ולא ידע שהיה אב בית דין בירושלים לפני כ-270 שנה. וגם לא הכיר את הספר פרי האדמה".