לעיקר הקושיה, לדידי לא קשיא.
המבול שבו שינה הקב"ה את טבעי העולם בכמה וכמה דברים [כוונתי דברים שנשארו, והוא הוא העולם שאנו מכירים היום] הוא בכלל "עושה מעשה בראשית".
מה לי אם עשה זאת הקב"ה בששת ימי בראשית או אח"כ, סוכ"ס עניינם חד: בריאת ועיצוב העולם על ידי הקב"ה.
בפרט דברים שנעשו בדור המבול שמובא בהרבה מקומות שהיה כמו חזרת העולם לתוהו ובוהו ובריאת עולם חדש = חזרה על מעשה בראשית.
אפשר להביא עוד דוגמה לזה [אפילו לא מהמבול] מברכת עושה מעשה בראשית על "ימים", וכלול בזה הים התיכון, כמפורש במשנ"ב.
והנה מפורש בחז"ל שכמה פעמים הציף האוקיינוס את העולם וכיסה ממנו שטחים, וכהיום הוא אינו במקום שהיה במעשה בראשית, וכן איתא גם על ים התיכון שמתחילה היה קטן, ואח"כ עלה עד עכו ויפו וברבריאה. [אם כי יש לחלק בין דבר שהיה כבר כמות שהוא לפנינו ורק היה קטן וגדל בכמות/שטח, משא"כ מישור שהפך להר הוא שינוי איכותי ולא רק כמותי].
שו"ר שבכל נושא זה של דברים שנשתנו בעולם ע"י הקב"ה אחרי מעשי בראשית, האם אפשר לברך עליהם "עושה מעשה בראשית" האריך בבקיאות ועיון בספר "שער העין" [לגר"א אריאל על ברכות הראיה] סימן כב, עיי"ש הכל.
והביא שם שכדברי מהרצ"ה והנצי"ב שההרים מחודשים אחרי מעש"ב [אמנם לא במבול אלא לפני כן] - מפורש בילקוט שמעוני בראשית רמז מז [ויתכן שנרמז בירושלמי נדה פ"ג ה"ב עיי"ש] לגבי דור אנוש:
וְנִגְזַר עֲלֵיהֶן שְׁלֹשָׁה גְזֵרוֹת כְּנֶגֶד הַכַּעַס שֶׁהִכְעִיסוּ, א) אַחַת שֶׁנִּקְרַע אוֹקְיָנוֹס וְהֵצִיף שְׁלִישׁ הַיַּבָּשָׁה, ב) וְאַחַת שֶׁהָיָה כָּל הָעוֹלָם כֻּלּוֹ מִישׁוֹר וַעֲרָבָה, וְנַעֲשָׂה הָרִים וּטְרָשִׁיִים וְגִימִיוֹת וְעָתִיד לֶעָתִיד לָבֹא לַחֲזוֹר לְמִישׁוֹר, שֶׁנֶּאֱמַר (זכריה יד, י) "יִסּוֹב כָּל הָאָרֶץ כָּעֲרָבָה" כְּמוֹ שֶׁהָיָה, וכו'.