בספר אמונות ודעות (מאמר ג) כתוב
"כבר הסתכלתי בדבר יונה ולא מצאתי כתוב שאומר, כי הוא לא הגיע השליחות הראשונה, אף על פי שלא מצאתיו, גם כן אומר שהגיע אותה, אך חויבתי להאמין בזה כדרך כל הנביאים. ושהחכם לא בחר לשליחותו מי שלא יגיענה, וכבר מצאתי הכתוב אומר (בכמה מקומות) וידבר י"י אל משה לאמר, דבר אל בני ישראל לאמר, ואיננו מפורש וידבר משה כן אל בני ישראל כי אם בקצתם. אבל ברח יונה משני דברים, שישלחהו פעם שנית בשליחותו, כי עלה בלבו כי הראשונה התראה, והשנית לאיים ולהפחיד בעונש, ופחד יונה שייעדם בדבר וישובו, ויסתלק הוועד ההוא, וייחסו אותו אל הכזב, ויצא מן הארץ אשר יעדם הבורא שתהיה בו הנבואה. וזה מפורש באחרית מאמרו (יונה ד' ב') אנא י"י הלא זה דברי עד היותי על אדמתי על כן קדמתי לברוח תרשישה. ולא היה עליו בזה חטא, מפני שלא אמר לו אלהיו הנני שולח אותך שנית, אבל היה זה דבר שעל על לבו ודחה מה שאפשר להיות או שלא להיות, והשיבו אלהינו אל הארץ המיוחדת בהכרח, עד שנבא אותו ושלחו, ונשלמה חכמתו".