(מסודר על פי הכמות, מהקטנה לגדולה)
לפי הרמב"ן היו ארבעה בנים לחשמונאי:
וזה היה עונש החשמונאים שמלכו בבית שני, כי היו חסידי עליון, ואלמלא הם נשתכחו התורה והמצות מישראל, ואף על פי כן נענשו עונש גדול, כי ארבעת בני חשמונאי הזקן החסידים המולכים זה אחר זה עם כל גבורתם והצלחתם נפלו ביד אויביהם בחרב. והגיע העונש בסוף למה שאמרו רז"ל (ב"ב ג ב) כל מאן דאמר מבית חשמונאי קאתינא עבדא הוא, שנכרתו כלם בעון הזה. ואף על פי שהיה בזרע שמעון עונש מן הצדוקים, אבל כל זרע מתתיה חשמונאי הצדיק לא עברו אלא בעבור זה שמלכו ולא היו מזרע יהודה ומבית דוד, והסירו השבט והמחוקק לגמרי, והיה עונשם מדה כנגד מדה, שהמשיל הקדוש ברוך הוא עליהם את עבדיהם והם הכריתום:
לפי יוסף בן מתתיהו בתולדות היהודים, מגילת אנטיוכוס, רס"ג בהקדמתו למגילה זו, היו חמשה בנים לחשמונאי:
"מתתיהו בן חשמונאי, אחד הכהנים מכפר ושמו מודיעין, הצטייד אפוא בנשק עם בני ביתו, ועם כוח קטן זה – חמישה בנים היו לו – הרג את בקכיד בקופיצים; מיד אחר כך נמלט אל ההרים מפחד חיל המשמר הגדול". (תולדות מלחמת היהודים ברומאים, ספר א, א:ג, תרגמה ליזה אולמן, ירושלים 2009, עמ' 92).
לפי 'ספר מקבים' החיצוני חמישה / ששה בנים:
"ובימים ההם קם מתתיה בן יוחנן בן שמעון כוהן מבני יהויריב מירושלים וישב במודעין. ולו בנים חמישה, יוחנן הנקרא גדי, שמעון הנקרא תסי, יהודה הנקרא מקבי, אלעזר הנקרא אורן, יונתן הנקרא אפוס". כל זה טוב ויפה , אלא שבספר מקבים ב' מוזכר בן נוסף - כאשר יהודה מעמיד מצביאים באח מן הקרבות: "והוא הציב את אחיו – שמעון ויוסף ויונתן - כמפקדים על כל יחידה ויחידה". אם כך מיהו אותו אח אשר שמו יוסף? והרי לא נזכר לנו יוסף בין האחים בספר מקבים א'. אפשר אולי לטעון שבמילה "אחיו" אין הכוונה לאחים ביולוגים אלא "אחים לצרה", כמו שאפשר לראות בספר נחמיה "ויבוא חנני אחד מאחי" (מכאן)
במדרש (אוצר מדרשים אייזנשטיין), היו שבעה בנים לחשמונאי:
חרבם תבוא בלבם וקשתותם תשברנה, אמר רשב"י אלו יונים שעשו מלחמה עם חשמונאי ובניו, ובשעה שנכנסו להיכל הלך יוני אחד ולקח ספר תורה והביא חנה בת יוחנן כ"ג שלא היה כיפיה בעולם והיתה נישאת לאלעזר בן חשמונאי, ורצה אותו יוני לבוא עליה בפני בעלה ואביה, אמר יוחנן כ"ג למתתיהו אני ושלשה בני ואתה ושבעה בניך הרי י"ב כנגד י"ב שבטים, מובטח אני שהקב"ה עושה נס על ידינו. מיד הרים אלעזר הסייף והרג אותו היוני ואמר עזרי מעם ה' עושה שמים וארץ.
לפי רש"י היו שנים עשר בנים לחשמונאי ולאלעזר (ולא נתברר כמה בדיוק היו לחשמונאי):
אם יש לחו"ר הפורום מה להוסיף בעניין זה מחז"ל בפרט, תע"ב.מחץ מתנים קמיו - מחץ קמיו מכת מתנים, כענין שנאמר (תהלים סט, כד) ומתניהם תמיד המעד, ועל המעוררין על הכהונה אמר כן. דבר אחר ראה שעתידין חשמונאי ובניו להלחם עם היונים והתפלל עליהם לפי שהיו מועטים י"ב בני חשמונאי ואלעזר כנגד כמה רבבות, לכך נאמר ברך ה' חילו ופועל ידיו תרצה.