ראיתי פעם (ואינני זוכר כרגע איפה) מי שכתב לבאר שיש הבדל עיקרוני בין ספר המצוות להרמב"ם שחובר בעיקר על בסיס מדרשי ההלכה, לבין משנה תורה שחובר בעיקר על בסיס הספרות התלמודית. ואמנם לאחרונה עמדתי על דוגמא הפוכה: בסה"מ (ל"ת קפז) סבר הרמב"ם שאיסור הנאה בבשר בחלב הוא מן התורה כמו שדרשו חז"ל בגמ' קידושין (נז:) וחולין (קטו:), ואילו במשנה תורה הל' מאכ"א (ט:א) סבר שרק בישול ואכילה אסורים מה"ת, וראה אשר כתב בזה פרופ' הנשקה ב'המעין' (גליון צה עמ' 33-36) לבאר שזה בהתאם למדרשם ז"ל במכילתא דרשב"י (במדרש הגדול).
יתכן בהחלט שההסבר הוא שככל דבר שבכלל יש גם יוצא מן הכלל, אבל בלא"ה מסתבר שאפילו אם כלל זה נכון, הוא יותר מורכב מאשר נראה מקופיא. האם יודע מאן דהו איפה נחקר ד"ז?