ידוע שרש"י שעל הרי"ף יש בו דיבורים שלא נמצאים ברש"י לפנינו. וכבר הוסכם שזה חיבור מאוחר שליקט מרש"י ועוד מקורות (ויש פוסקים שכתבו שמשום כך אינו בר-סמכא. ראה מה שהביא ביד מלאכי כללי רש"י אות ה'. וראה אוצר הגדולים ח"ח עמ' קנח).
ובמרדכי ברכות (בעיקר בקטעים שבכתבי יד אוסטרייך כלומר בודפשט ווטיקן) יש הרבה דיבורים של הרי"ף עם פירוש שמקביל לרש"י שברי"ף. [וזה לא במקרה, שהרי המרדכי מסדר דבריו לרוב על לשונות הרי"ף. בפרט בכתבי יד אוסטרייך]. השאלה היא האם מחבר הרש"י על הרי"ף ליקט מהמרדכי או ששניהם ליקטו ממקור אחד.
אשמח להפניות ומקורות.