בתקופת הגאונים שימשה המילה גאון ככינוי לראש ישיבת סורא ופומבדיתא בלבד. זמן מה לאחר תקופת הגאונים (ואולי גם ראשונים) הפך השם גאון ככינוי לת"ח עצום וחריף בתורה. המפורסם ביותר שבתקופת האחרונים הוא בלא ספק הגאון מווילנא, אבל יש גם הגאון מלייפניק (ברוך טעם), הגאון מליסא (הנתיבות), ועוד, הם נקראו גאון מ__ סתם מבלי לפרט שמם הפרטי.
מתי הפך הכינוי לתואר חשיבות תורני כללי, ומי הראשון שקראו לו 'גאון' באופן קבוע?