כתב השו"ע סי' תרה':
מה שנוהגים לעשות כפרות בערב יום כיפורים לשחוט תרנגול על כל בן זכר ולומר עליו פסוקים יש למנוע המנהג: [משום חשש דרכי האמורי - מ"ב]. רמ"א: ויש מהגאונים שכתבו מנהג זה וכן כתבו אותו רבים מן האחרונים וכן נוהגין בכל מדינות אלו ואין לשנות כי הוא מנהג ותיקין ונוהגין ליקח תרנגול זכר לזכר ולנקבה לוקחין תרנגולת (ב"י בשם תשב"ץ) ולוקחין למעוברת ב' תרנגולים אולי תלד זכר ובוחרין בתרנגולים לבנים על דרך שנאמר אם יהיו חטאיכם כשנים כשלג ילבינו ונהגו ליתן הכפרות לעניים או לפדותן בממון שנותנים לעניים (מהרי"ל) ויש מקומות שנוהגין לילך על הקברות ולהרבות בצדקה והכל מנהג יפה ויש להסמיך שחיטת הכפרות מיד לאחר שהחזירו עליו וסומך ידיו עליו דמות הקרבן וזורקין בני מעיהם על הגגות או בחצר מקום שהעופות יכולין לקחת משם (טור).
רבים מן האשכנזים נוהגים כדברי הרמ"א הנ"ל שחולק על הבית יוסף והקדיש לכך הרמ"א בלשונו לא פחות מ22 תיבות: 'ויש מהגאונים שכתבו מנהג זה וכן כתבו אותו רבים מן האחרונים וכן נוהגין בכל מדינות אלו ואין לשנות כי הוא מנהג ותיקין'. ובדורות שלנו רבים מן הספרדים ג"כ נוהגים כהרמ"א (אולי כתבו מנהג זה בספרי הפוסקים הספרדים כמרן ה'בן איש חי ו'הכף החיים' ועוד, לא עיינתי).
עכ"פ אני מעלה את מנהג זה כאן. מפני שלאחרונה אנו שומעים מכל מיני צדיקים שצריך לבטל מנהג זה. אז כך, יאמר ברורות: אם אלו שמובילים את התרנגולים בצורה נפשעת ומניחים אותם במקומות שהם מצטערים ואינם נותנים להם מזון ושתיה, הרי הם עוברים בכך על איסור דאורייתא של 'צער בעלי חיים'. ואם אותם סוחרים מעמידים אותם היום בשכונה א' ומחר מניחים אותם תרנגולים בשכונה ב', הרי שהם גם נוכלים בנוסף לעבריינים. (ומה שמרן הבית יוסף היתנגד למנהג זה, הוא מטעם אחר כמו שמבואר לעיל.)
אני מדבר על אלה שנוהגים את המנהג כהילכתו שקונים ישירות מן הלול או ממקום מסודר תרנגולים ועושים כפרות ומיד שוחטים ומכסים דמם ובודקים ונותנים לעניים או שנותנים פדיונם לעניים, הרי הם מקיימים את דברי הרמ"א כהילכתו. ומנהג ישראל תורה היא ולא תהא מוחלפת.