נראה שיש ב' דינים בענין שלא כדרכו, אחד שהוא מדין מלאכת מחשבת ואחד שהוא שינוי מהותי, ולאו דוקא שניהם חלים באותם מקרים. ואפרש דברי.
בהלכות תפילין סי' לב, הביא הב"י מספר התרומה
וצריך שיכתוב בימינו כ"כ בס"ה סימן ר"ה מדאמרינן בס"פ הקומץ (לז.) וקשרתם וכתבתם מה קשירה בימין אף כתיבה בימין ואפילו דיעבד פסול אם כתב בשמאל דהא תנן בפרק הבונה (קג.) הכותב בין בימינו בין בשמאלו שתי אותיות ופריך הא אין דרך כתיבה בשמאל ומשני בשולט בשתי ידיו אבל באטר אשמאל דעלמא חייב ולא אימין ובענין זה צריך לכתוב ס"ת תפילין ומזוזות ומגילה דנאמר בכולהו כתיבה דאין לומר דדוקא בשבת דגמרינן ממשכן אינו מועיל כלאחר יד אבל בעלמא כשר אין סברא לומר כן שיכתוב ס"ת תפילין ומזוזות כהלכתן בשבת ולא יהיה חייב אמנם גבי שחיטה כתיב וזבחת ותנן (חולין לא.) נפלה סכין ושחטה פסולה הא הפילה כשירה אפילו כלאחר יד ואפ"ה פטור בשבת משום דהוי כלאחר יד עכ"ל ובפסק כתב וצריך לכתוב בימינו ואיטר בשמאל של עולם שהוא אליו ימין ושולט בשתי ידיו יכתוב בימין העולם וגם הרא"ש כתב בסדר תיקון תפילין שצריך שיכתבם בימינו אא"כ הוא אטר וכ"פ בסמ"ג ובספר אורחות חיים ולא כתבו אם הם פסולים בדיעבד בשכתבם בשמאל וכך הם דברי רבינו סתומים ג"כ אבל בהגהות מיי' פ"ב כתוב בשם סמ"ק שאם כתב בשמאל פסול אפילו בדיעבד.
הרי הביא תחילה מעלת ימין, שכיון שדרכו לכתוב בימין עי"ז יהיה הכתיבה נאה. ואחרי זה כתב שאם כתב בשמאל פסול, והביא ראיה מהל' שבת ששם אם כתב בשמאל פטור. ואז דחה ראייתו שאפשר ששם הוא מצד מלאכת מחשבת, אולם נראה שאין לדחות שהרי א"א לומר שיש אופן המותר (אפילו רק מה"ת) לכתוב ספר תורה בשבת.
וצלה"ב, למסקנתו דס"ת שנכתב בשמאל פסול, מה באמת הפסול? וצ"ל שהוא ראיה לדבריו שלא כדרך הוא שינוי מהותי,
אף שהוה ניחא ליה לומר דפטור שלא כדרך הוה מצד מלאכת מחשבת. וא"כ נראה לדעתו שבאמת יהיו ב' טעמים לפטור כתיבה בשמאל, א' מלאכת מחשבת ב' שינוי מהותי.
והראיה להבנה זו, שכתוב שם בשו"ע הרב (סימן ל"ב ס"ז, ועיין שם בשו"ע ס"ה ובמג"א סק"ה, וכנראה כן פירש דברי המג"א)
יש אומרים שצריך לכתוב בימין ואם כתב בשמאל פסול לפי שאין דרך כתיבה בכך וכתיבה כלאחר יד היא שהרי הכותב בשבת ביד שמאל פטור ואין סברא שיכתוב אדם סת"ם בשבת ויפטר ואפילו אם שולט בשתי ידיו צריך לכתוב לכתחלה בימין ואם כתב בשמאל כשר ואטר יכתוב בימין שלו שהיא שמאל של כל אדם ואם כתב בשמאלו שהוא ימין של כל אדם פסול ומכל מקום אם אי אפשר למצוא תפילין אחרים שנכתבו בימין יש להכשיר הנכתבים בשמאל בין באטר בין בשמאל של כל אדם מאחר שלא הוזכר פסול זה בתלמוד אבל אם כתב בפיו שתפס הקולמוס בשפתיו וכתב בו פסולים אפילו אי אפשר למצוא אחרים שבודאי אין דרך כתיבה כלל בפה.
הרי כתב להדיא שגם להצד דכתיבה בשמאל כשר מ"מ כתיבה בפה פסול, וצ"ל דגם אם בהלכות שבת הטעם דכתיבה בשמאל פטור הוא משום מלאכת מחשבת מ"מ יש שינויים שהם שינויים מהותיים. רק שיש ספק אם כתיבה בשמאל נחשב שינוי מהותי או לאו, ולכן מקילים כשאין תפילין אחרים או כשהגט כבר ניתן או שהוא במקום עיגון (עיין בב"ש סימן קכג סק"ד, וראה גם רמ"א וחלקת מחוקק שם, שדנו על כתיבה בשמאל לענין גט).
רק שלפי זה קשה למה שחיטה כלאחר יד כשרה, כיון שהוא שינוי מהותי. ובזה ביאר הספר התרומה דכיון דכתיב וזבחת אין משגיחין על הפעולה אלא על הנפעל.
[ומודינא דקשה לפי"ז למה רק הפילה כשרה ולא נפלה? ובפשטות נראה הטעם כמ"ש רש"י (חולין דל"א ע"ב ד"ה אבל) דבעינן כח אדם, כלומר, דמ"מ בעינן
סוג פעולה מיוחדת]